Nelle isole, la fauna terrestre, è molto varia e ricca ed è rappresentata da uccelli, lucertole, conigli, coleotteri e molluschi.
In primavera e autunno, transitano molti uccelli migratori come aironi rossi, cenerini, gru, oche selvatiche, anatidi, cormorani, fenicotteri, quaglie e pellicani.
Le specie più interessanti sono la berta maggiore e la berta minore, chiamata localmente "araghiune". Tra i rapaci è frequente il falcone mediterraneo, il falcone della regina, il falco cuculo ed il lodolaio.
La fauna ittica, nelle acque dell' arcipelago viene praticata con la pesca del pesce spada, del tonno, dell' aragosta, del pesce azzurro (sardine, sgombri e alici), delle ricciole, di totani nonché la raccolta altri crostacei e molluschi.
Tra la fauna marina, le specie più comuni in questo arcipelago sono le Meduse, i Coralli neri, le Attinie equine, il Rombo e le Stelle di mare. Il mare riserva a volte la sgradita sorpresa di incontri con le piccole e brucianti Meduse L'Attinia, un fiore animale dai colori smaglianti, arancio, verde, rosso, giallo, attaccato al fondo da un gambo robusto e carneo. Quando un piccolo pesce si avvicina, l'attinia si anima e afferra voracemente la preda.
I Coralli neri costituiscono gli ultimi esemplari di questa specie esistenti nel Mediterraneo. Il Rombo è un pesce piatto e tondeggiante, molto simile a una sogliola. Nel mare è ancora possibile trovare numerose Stelle marine di colore rosso e dalle cinque braccia tondeggianti.
I Delfini del Mediterraneo, di tanto in tanto in grossi branchi, si fanno vedere tra Stromboli e Lipari, distinguendosi in salti e giochi di gruppo, accompagnando le barche nelle loro escursioni.